Cet organe exécutif  a été mis en place  par le Décret  no 100/84 du 19 mars 2013 pour  appuyer techniquement au quotidien le fonctionnement des organes de la CNPS et faire le suivi de la mise en œuvre des programmes de protection sociale. La mission globale du SEP/CNPS est de Promouvoir, Coordonner et Réguler les Programmes et les Systèmes de Protection Sociale. Il est placé sous tutelle du Ministère de la Solidarité Nationale, des Affaires Sociales, des Droits de la Personne Humaine et du Genre.